クラミジアの原因となっているのはクラミジア・トラコマティスのため治療に用いられる薬は抗生物質となっています。抗生物質にもいくつかの種類があり、大きく分けると以下の3種類です。
マクロライド系抗菌薬
クラミジアの菌の増殖を防ぐ効果があり、クラリシッド（一般名：クラリスロマイシン）やアジスロマイシンがあります。
ニューキノロン系抗菌薬
菌を殺す殺菌効果があり、トスキサシン（一般名：トスフロキサシントシル酸塩水和物）やガチフロ（一般名：ガチフロキサシン水和物）クラビット（一般名：レボフロキサシン水和物）などがあります。
テトラサイクリン系抗菌薬
マクロライド系と同様に菌の増殖を防ぐ効果があり、ビブラマイシン（一般名：ドキシサイクリン塩酸塩水和物）やミノマイシン（一般名：ミノサイクリン塩酸塩）があります。
抗生物質には、色々な系統がありますが、その中でも、クラミジアに効果があるのはテトラサイクリン系、マクロライド系、そして、ニューキノロン系の抗生物質です。
ペニシリン系やセフェム系、アミノグリコシト系等の抗生物質は、クラミジアを陰性化出来る可能性が低いため、治療薬とはなりません。
クラミジアの病原体であるクラミジア・トラコマチスは、細胞内に寄生する細菌ですが、治療をせずに放置していると、尿道の奥へと病原体が移動し前立腺へと向かう傾向にあり、治療の際に服用する抗生物質が届きにくくなり、治療が難しくなることがあります。
また、さらに奥へ奥へと進行した菌が睾丸まで接近し副睾丸炎を引き起こすと、男性であっても不妊症の原因（左右、両側共に副睾丸炎を起こすと精子の通路が詰まってしまうため）となる恐れが出てくるので、性病検査などで性器クラミジアに感染していることが判明したら、治療を先延ばしにしないことが大切です。
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