女性ではクラミジアは最初に子宮頚管部粘膜に感染します。ここには痛みを感じる神経がほとんどありません。女性の場合はクラミジアに感染してもほとんど症状を出しません。クラミジアに感染すると、膣内の抵抗力が下がってほかの病原菌が進入しやすくなります。そのため膣炎が起こります。膣炎の症状は性器の痒み、おりものの変化、性器のにおいがきつくなるなどです。膣粘膜に炎症が起こっているため、性交痛という症状も初期にはよく聞かれます。
女性の場合でも男性と同様、初期に十分な治療ができないとクラミジアは体の奥に侵入していきます。進行状況の順番に子宮内膜炎、卵管炎、腹膜炎 となっていきます。子宮内膜炎では下腹部の痛み、生理痛 、不正出血が主な症状です。流産の原因にもなります。卵管炎になると生理痛のほか、卵子の通り道である卵管がふさがってしまって不妊の原因になります。
卵管の出口は腹腔内につながっていますから、さらに進展すると腹膜炎になります。通常は骨盤内腹膜炎として頑固な腹痛、生理痛、不妊症などの症状です。 時として激しい上腹部痛を起こすことがあります。
男性に比べて女性のほうが症状に気づきにくく、しかも深刻な身体的影響を受けやすいと言えます。感染に気づかずに妊娠、出産すると新生児結膜炎や肺炎の原因にもなります。
